选择合适的滤纸可透过考虑以下四种因素而作决定。
硬度：滤纸在过滤时会变湿，一些长时间过滤的实验步骤应考虑使用湿水后较坚韧的滤纸。
过滤效率：滤纸上渗水小孔的疏密程度及大小，影响着它的过滤效率。高效率的滤纸过滤速度既快，而且分辨率也高。
容量：过滤时积存的固体颗粒或会阻塞滤纸上的小孔，因此渗水小孔愈密集，也就表示其容量愈高，容许过滤的滤汶愈多。
适用性：有些滤纸是采用特殊的制作步骤而完成的，例如在检验医药中用于测定血液中的氮含量，必须使用无氮滤纸等。
注意滤纸不能过滤氯化锌，否则滤纸将被氯化锌腐蚀破损